Paralelamente, el Villarreal disputa la Copa UEFA y es eliminado en dieciseisavos de final por el Zenit de San Petersburgo, equipo sorpresa del torneo y a la postre campeón, mientras que en la Copa del Rey cae eliminado en cuartos de final por el F. C. Barcelona, en la mejor participación histórica del Villarreal en dicho torneo. Michel Seydoux entró en negociaciones para la compra del club con el empresario luxemburgués Gerard Lopez en octubre de 2016 antes de firmar un protocolo de acuerdo en diciembre.
